พระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์) อดีตเจ้าอาวาสวัดไร่ขิง พร้อมด้วยประชาชนในท้องถิ่นได้ร่วมมือร่วมใจก่อกำเนิดโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้น เปิดเรียนเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2489 โดยมีฐานะเป็นโรงเรียนราษฏร์ชื่อว่า “โรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา” มีพระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์)เป็นองค์อุปถัมภ์ นายสุวรรณ อุบลศรี เป็นเจ้าของโรงเรียน นายถวิล โปราณานนท์ เป็นครูใหญ่คนแรก เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่3ใช้ศาลาการเปรียญวัดไร่ขิงเป็นที่เรียน เมื่อมีนักเรียนมากขึ้นก็ไปอาศัยอาคารชั่วคราวของวัด เช่น โรงมุงจาก และโรงลิเก เป็นที่เรียน จนถึงปี พ.ศ. 2499 รวมเวลา 10 ปีเต็ม

     ในปี พ.ศ.2500 พระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์) ได้จัดหาที่เรียนให้ใหม่ โดยต่อเติมเรือนปั้นหยา 2 ชั้น ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตกของวัด (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของโรงเรียนวัดไร่ขิงสุนทรอุทิศ) ให้เป็นที่เรียน และแต่งตั้ง นายธีระ เหล็กเพชร เป็นครูใหญ่แทน นายถวิล โปราณานนท์ ที่ขอลาออก จนถึงปี พ.ศ.2502 นายธีระเหล็กเพชรขอลาออกจึงแต่งตั้งนายวิจิตร พร้อมมูลดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน จนถึงปี พ.ศ. 2510 ได้มีการเริ่มต้นปรับปรุงการศึกษาของโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษาอย่างขนานใหญ่ โดย พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง (สมณศักดิ์ชั้นยศในขณะนั้น) ได้จัดซื้อที่ดินแปลงใหม่ เนื้อที่ 18 ไร่ สร้างอาคารเรียน 3 ชั้น แบบคอนกรีตทรงไทยประยุกต์ ขนาด 24 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง พร้อมด้วยอาคารประกอบต่าง ๆ มีโรงอาหาร-หอประชุม 1 หลัง ห้องสุขาชาย 1 หลัง สุขาหญิง 1 หลัง เจาะบ่อน้ำบาดาล 1 บ่อ สร้างถังน้ำบาดาล 1 ถัง ใช้เวลาดำเนินการจนถึงปี 2512 จึงแล้วเสร็จ โดยมีพระราชปัญญาภรณ์ เจ้าอาวาส นายเลี้ยน ปัถวี กรรมการวัด นายฉลวย เปรมสัตย์ธรรม ตัวแทนวัดเป็นเจ้าของโรงเรียน นายทวี สุจจิตจูร ครูผู้จัดการโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา ร่วมกับคณะกรรมการวัดไร่ขิง เป็นผู้ควบคุมดำเนินการก่อสร้าง และได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในที่ปัจจุบัน เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2515 ต่อมาภายหลัง พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง ได้จัดซื้อที่ดินเพิ่มเติมให้โรงเรียนจนมีเนื้อที่อาณาเขตรั้วโรงเรียน รวมทั้งสิ้น 37 ไร่ 2 งาน

     พ.ศ.2516 พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง ในฐานะองค์อุปถัมภ์โรงเรียน ได้ประชุมคณะกรรมการฝ่ายต่าง ๆ ขอความเห็นที่จะโอนกิจการของโรงเรียนนี้ให้รัฐบาลดำเนินการต่อไป เพื่อสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลที่มุ่งขยายการศึกษาออกสู่ท้องถิ่นชนบทอย่างกว้างขวาง ที่ประชุมมีมติเห็นชอบด้วย จึงทำเรื่องขอโอนไปยังกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ.2517 กระทรวงศึกษาธิการโดยความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี ได้รับโอนโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษามาเป็นโรงเรียนรัฐบาล สังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา และเปลี่ยนชื่อใหม่ นามว่า “โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา” โดยมี นายวิจิตร พร้อมมูล รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมา กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้ง นายพิษณุ รัตนสุพร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ.2517 ขณะนั้นมีนักเรียน 11 ห้องเรียน จำนวน 369 คน ครู 23 คน ลูกจ้างประจำ 3 คน

     พ.ศ.2521 กระทรวงศึกษาธิการ ได้อนุญาตให้โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น จนถึงชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.1 – ม.6) วันที่ 22 ตุลาคม 2521 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ได้เสด็จพระราชดำเนินมาถวายผ้าพระกฐิน ณ วัดไร่ขิงและได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม เปิดป้ายนาม “โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา” เพื่อเป็นสิริมงคลสืบไปนับเป็นเกียรติประวัติสูงยิ่งของโรงเรียนและนำความปลาบปลื้มปิติยินดีมาสู่ชาวไร่ขิง ด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น

     ตลอดระยะเวลาที่ นายพิษณุ รัตนสุพร ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ได้รับความร่วมมือจากคณะครู ผู้ปกครอง ศิษย์เก่า นักเรียนในขณะนั้น และชุมชนวัดไร่ขิงช่วยกันพัฒนาและปรับปรุงโรงเรียนในทุกด้านทำให้โรงเรียนเจริญรุ่งเรืองขยายใหญ่โตอย่างรวดเร็วจนได้เลื่อนตำแหน่งจากครูใหญ่เป็นอาจารย์ใหญ่และเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนตามลำดับในเวลาต่อมาเพียงระยะเวลาไม่ถึง 10 ปี

     ในปี พ.ศ. 2528 ภายใต้การบริหารงานของ นายประสก มนุญญวงศ์ ผู้อำนวยการโรงเรียน ได้ริเริ่มให้มีการก่อตั้งสมาคมผู้ปกครอง ครู และศิษย์เก่า ขึ้น โดยการเชิญตัวแทนครู ประชุมหารือการก่อตั้งร่วมกับศิษย์เก่าที่มีชื่อเสียงหลายท่าน และตัวแทนผู้ปกครองในขณะนั้น ได้มีมติก่อตั้งสมาคมฯขึ้นเป็นครั้งแรก ใช้ชื่อว่า “สมาคมผู้ปกครอง ครูและศิษย์เก่าอนันต์ฯ-วัดไร่ขิงวิทยา” เพื่อให้การสนับสนุนกิจกรรมของโรงเรียน โดยมี นายประวัติ หิรัญ ศิษย์เก่าโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา เลขประจำตัวนักเรียน เลขที่ 2 ได้รับการเลือกตั้งจากที่ประชุมให้เป็นนายกสมาคมฯ คนแรกและตั้งแต่ปี พ.ศ. 2547 เป็นต้นมา การบริหารงานโรงเรียนได้มีการจัดรูปแบบใหม่ เพื่อให้เป็นไปตามที่กำหนดในพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.254๗โดยกฎกระทรวงศึกษาธิการ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 2 ได้แต่งตั้งคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาขึ้นมาให้เป็นองค์คณะในการบริหารกิจการการจัดการศึกษาของโรงเรียน จำนวน 15 คน ประกอบด้วยตัวแทนจากคณะบุคคลต่าง ๆ ในท้องถิ่น มีกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ ๑ท่านเป็นประธานคณะกรรมการ ผู้อำนวยการโรงเรียนเป็นกรรมการและเลขานุการโดยตำแหน่ง บริหารจัดการในรูปแบบการใช้โรงเรียนเป็นฐาน (School-BasedManagement)

     กรมสามัญศึกษา/สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน/คณะอนุกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา (อ.ก.ค.ศ.) เขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 2 / เขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 9 (ตามยุคสมัย) ได้มีมติให้มีการโยกย้ายผู้บริหารเพื่อความเหมาะสมอยู่เสมอ จึงทำให้โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา พัฒนาการจัดการศึกษาได้อย่างต่อเนื่องตามทิศทางการจัดการศึกษาและหลักการบริหารงานของผู้อำนวยการโรงเรียนในแต่ละยุคสมัยสามารถสนองตอบตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการได้เป็นอย่างดีมาโดยตลอดจนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนผู้นำการเปลี่ยนแปลงเพื่อรองรับการกระจายอำนาจ เป็นโรงเรียนมาตรฐานสากล โรงเรียนในโครงการเครือข่ายจัดการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์เป็นภาษาอังกฤษ (EIS) โรงเรียนยอดนิยมในส่วนภูมิภาค และโรงเรียนในโครงการจัดการศึกษาไร้พรมแดน

     ในปี พ.ศ.๒๕๔๗โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยามีนักเรียนจำนวนมากถึง ๒,๗๗๒คนจึงทำให้อาคารเรียนมีไม่เพียงพอ ดังนั้นคณะกรรมการของโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยานำโดย นายวรพจน์ นาคนคร ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาจึงได้ดำริที่จะสร้างอาคารเรียนอเนกประสงค์ขึ้นใหม่เพื่อใช้เป็นโรงอาหารและหอประชุมโดยทำเป็นอาคารแบบ ๒ ชั้นใช้เงินประมาณ ๘,๐๐,๐๐๐.(แปดล้านบาท)ต่อมานายวรพจน์  นาคนคร ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาได้นำเรื่องดังกล่าวเข้ารายงานต่อพระอุบาลีคุณูปมาจารย์เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง (พระอารามหลวง)เป็นเบื้องต้นและได้ประชุมคณะครูขอความร่วมมือช่วยกันระดมทุนจัดหารายได้เพื่อใช้ในการก่อสร้างและหาทุนทรัพย์ที่หาได้ยังไม่พอทางวัดไร่ขิงจะช่วยสมทบให้จนงานสำเร็จ 

     ดังนั้นทางโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาจึงได้ขออนุญาตวัดไร่ขิงจัดทอดผ้าป่าการศึกษาขึ้นเป็นครั้งแรกต่อมานายสุนทร  สุมาลย์โรจน์ ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาคนปัจจุบันร่วมกับคณะกรรมการสมาคมผู้ปกครอง ครูและศิษย์เก่าอนันต์ฯ-ไร่ขิงวิทยา คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน องค์การบริหารส่วนตำบลไร่ขิง คณะกำนันผู้ใหญ่บ้านในตำบลไร่ขิง คณะกรรมการเครือข่าย ผู้ปกครองทุกระดับชั้นและศิษย์เก่าทุกรุ่นทอดผ้าป่าการศึกษาจัดงานประกวดพระเครื่องและพระบูชาก็มีจัดพิมพ์หนังสือ “พระอุบาลีคุณูปมาจารย์กับตำนานวัดไร่ขิง”จำหน่ายเพื่อเป็นรายได้และจัดสร้าง “จตุคาม-รามเทพ”คณะกรรมการส่วนใหญ่จึงสนับสนุนให้มีการสร้าง “จตุคาม”พระพิพัฒน์วิริยาภรณ์ประธานในที่ประชุมจึงได้มอบหมายให้นายสัญญา สุดล้ำเลิศเป็นผู้ออกแบบเพื่อนำเงินรายได้มาสมทบทุนในการก่อสร้างอาคารหอประชุมจนสำเร็จลุล่วงและตั้งชื่ออาคารนามว่า “หอประชุมพระอุบาลีคุณูปมาจารย์”เป็นอาคารหอประชุมใหญ่ของโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาจวบจนปัจจุบันนอกจากนี้พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ได้เมตตาเขียนอักขระขอมคำว่า “จตุคาม”ให้เพื่อเป็นสิริมงคลของพระรุ่นนี้อีกด้วย

     ตั้งแต่ปีการศึกษา 2547 เป็นต้นมาโรงเรียนตระหนักในความสำคัญที่จะพัฒนาผู้เรียนตามคุณลักษณะอันพึงประสงค์ จึงจัดโครงการส่งเสริมศักยภาพผู้เรียนตามแนวทางโรงเรียนวิถีพุทธ กิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุนนักเรียนสมัครเรียนและเข้าสอบธรรมศึกษาสนามหลวง ชั้นตรี ชั้นโท และชั้นเอก โดยมีผลสรุปการดำเนินการดังนี้

     เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ.2548 โรงเรียนได้รับพระราชทานโล่จากสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก“ขออนุโมทนาโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาที่ได้จัดการเรียนการสอนธรรมศึกษา ในปีพุทธศักราช 2547 ซึ่งมีนักเรียนสอบได้มากเป็นลำดับที่ 3 ในส่วนภูมิภาค เป็นกำลังสำคัญในการเผยแผ่พระพุทธศาสนาและส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรมแก่เยาวชนของชาติ ควรแก่การสรรเสริญและประกาศเกียรติคุณขอจงถึงความเจริญงอกงามไพบูลย์ในพระพุทธศาสนาเทอญ”

     ปี พ.ศ. 2550 ได้รับความเมตตากรุณาจากท่านเจ้าคุณพระพิพัฒน์วิริยาภรณ์ ผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสวัดไร่ขิงพระอารามหลวงมอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นตรี ชั้นโท และชั้นเอก จำนวน 996 คน เป็นเงิน 491,500 บาท

     ปี พ.ศ. 2551 ท่านเจ้าคุณพระพิพัฒน์วิริยาภรณ์ (สมณศักดิ์ชั้นยศในขณะนั้น) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิงพระอารามหลวง เจ้าคณะอำเภอพุทธมณฑล ได้ให้ความเมตตามอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นเอก จำนวน 186 คน เป็นเงิน 93,000 บาท ในปี พ.ศ.2552 มอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นเอก จำนวน 277